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Practical command to rename files using regular expressions:

perl -we '$regex = shift(@ARGV); $rep = shift(@ARGV); $rep =~ s/"/\"/g; $rep = qq("$rep"); foreach (@ARGV) { if (/$regex/) { $ren = s/$regex/$rep/geer;  print qq(Renombrando "$_"n          a "$ren"n); rename($_, $ren); }}' <patrón> <reemplazo> <ficheros...>

Sacado a colación a propósito de el curso de Lenguajes de Programación en Coursera, cuyos videos están numerados sin cero de prefijo (“2 – 9 – Functions Formally (856).mp4”), por lo que son ordenados incorrectamente en la mayoría de los programas (como VLC).

Para arreglarlo en una terminal de Linux, primero creamos un alias para mayor legilibilidad (que también puedes guardar permanentemente en tu .bashrc):

alias renamregex='perl -we '''$regex = shift(@ARGV); $rep = shift(@ARGV); $rep =~ s/"/\"/g; $rep = qq("$rep"); foreach (@ARGV) { if (/$regex/) { $ren = s/$regex/$rep/geer;  print qq(Renombrando "$_"n          a "$ren"n); rename($_, $ren); }}''

Después cambiamos al directorio donde tenemos los videos, reemplazando mi directorio con el tuyo claro (también puedes simplemente presionar F4 en Dolphin para abrir una terminal en él, si usas KDE):

cd "~/Documentos/Educación/Cursos en línea/Coursera UoW - Programming Languages/"

Y añadimos un guión bajo a la duración (para que el nombre del video coincida con el del subtítulo):

renamregex '(d)(dd).mp4)' '$1_$2' *.mp4

Renombrando "2 - 9 - Functions Formally (856).mp4"
          a "2 - 9 - Functions Formally (8_56).mp4"

Para después renombrar todos los ficheros añadiendo un cero a todos los dígitos solitarios, excepto el últimono queremos cambiar la extensión:

renamregex '(^|D)(d)(D)' '${1}0$2$3' *

Renombrando "2 - 9 - Functions Formally (8_56).mp4"
          a "02 - 09 - Functions Formally (08_56).mp4"

Como premio extra por usar el mejor SO para los desarrolladores, puedes instalar todos los programas del curso con un solo comando (para Debian/Ubuntu y amigos):

sudo apt-get install emacs24 smlnj sml-mode racket ruby libtcltk-ruby

Aunque el modo SML requiere un pequeño arreglo (para prevenir el errorrequire: Constant symbol `:groupspecified in defvar”):

sudo perl -pi -e 's/^(defvar :.*n//' /usr/share/emacs/site-lisp/sml-mode/sml-compat.el
sudo emacs -batch -f batch-byte-compile  /usr/share/emacs2*/site-lisp/sml-mode/sml-compat.el

Si quieres usar Emacs en lugar de DrRacket, instala Quack y Geiser con:
sudo apt-get install emacs-goodies-el

y para el último Geiser:
wget http://ubuntu.wikimedia.org/ubuntu/pool/universe/g/geiser/geiser_0.4-1_all.deb
sudo dpkg -i geiser_0.4-1_all.deb
rm geiser_0.4-1_all.deb

(o si ya usas Ubuntu Sausy o Debian Jessie, puedes simplemente hacer apt-get install geiser).

y añade a tu ~/.emacs:

;; Improved scheme-mode for Racket
(require 'geiser-install)
(require 'quack)
(quack-install)

Si estás en Windows, tendrás que instalar Perl por tu cuenta y ejecutar algo como:

cd "$HOMEMis DocumentosEducaciónCursos en líneaCoursera UoW - Programming Languages" 

perl -we '$regex = shift(@ARGV); $rep = shift(@ARGV); $rep =~ s/"/\"/g; $rep = qq("$rep"); foreach (@ARGV) { if (/$regex/) { $ren = s/$regex/$rep/geer;  print qq(Renombrando "$_"n          a "$ren"n); rename($_, $ren); }}'
'(d)(dd).mp4)' '$1_$2' *.mp4

perl -we '$regex = shift(@ARGV); $rep = shift(@ARGV); $rep =~ s/"/\"/g; $rep = qq("$rep"); foreach (@ARGV) { if (/$regex/) { $ren = s/$regex/$rep/geer;  print qq(Renombrando "$_"n          a "$ren"n); rename($_, $ren); }}' '(^|D)(d)(D)' '${1}0$2$3' *.*

Pero no lo he probado.