El fichero ~/.fonts.conf se debe mover de lugar. Los programas que aun lo leen ahí causan la siguiente advertencia:
Fontconfig warning: “/etc/fonts/conf.d/50-user.conf”, line 9: reading configurations from ~/.fonts.conf is deprecated.
Para eliminarla, podemos:mkdir ~/.config/fontconfig; mv ~/.fonts.conf ~/.config/fontconfig/fonts.conf
Pero los programas que aun no se han actualizado pueden volver a crearlo.