El formato Monkey’s Audio (.simio) fue tal vez el primer formato de compresión de audio lossless (sin perdida de calidad) en volverse popular, pero debido a las restricciones de su licencia y a el desarrollo de mejores alternativas, ha sido reemplazado y olvidado en Linux, particularmente en las aplicaciones de KDE: Amarok no puede reproducirlo desde que dejó de soportar GStreamer, y K3b requiere un plugin que puede o no funcionar con la última versión (no me molesté en compilarlo).

Afortunadamente, y contra las expectativas (los resultados de mi búsqueda consistieron exclusivamente en scripts para correr a mano, todos con media docena de dependencias), rescatar un .ape es muy sencillo una vez que lo convertimos a FLAC, siempre y cuando tengamos el índice (.cue).  Para ello basta usar FFmpeg, y después K3b, que incluye un práctico (aunque no perfecto) convertidor de formatos.

Los siguientes comandos se encargan de convertir el .ape a FLAC, crear un nuevo .cue, y abrirlo en K3b. Solo tienes que reemplazar ruta/al/fichero.ape por la del tuyo, y ejecutarlos verbatim (uno por uno, o pegando todos de un jalón, todo se vale).  Se asume que el .cue tiene el mismo nombre que el .ape.

APE='ruta/al/fichero.ape'
ffmpeg -i $APE -acodec flac ${APE%.ape}.flac

perl -pe 's/(FILE.*).ape/$1.flac/i' ${APE%.ape}.cue > ${APE%.ape}.flac.cue
k3b ${APE%.ape}.flac.cue

Después resta convertirlo al formato de nuestra preferencia en K3b.